Para millones de personas, comenzar el día con una taza de café es ritual, gasolina mental y rutina diaria. Pero más allá del clásico “café para despertar”, la ciencia está empezando a descubrir que ese sorbo matutino tiene efectos importantes mucho más abajo: en tu intestino y su comunidad de microorganismos, conocida como microbiota intestinal.
¿Cuál es la conexión entre café y microbiota?
Tradicionalmente pensamos en el café como “agua con cafeína”, pero en realidad es una mezcla compleja de compuestos bioactivos, entre ellos polifenoles y pequeñas cantidades de fibra alimentaria. Estos compuestos no siempre se digieren por completo en el estómago y el intestino delgado, por lo que muchos llegan al colon prácticamente intactos. Allí se convierten en alimentos para ciertas bacterias intestinales, actuando de forma similar a un prebiótico —un nutriente que favorece a bacterias beneficiosas.
Investigadores incluso han señalado que una taza de café filtrado puede aportar alrededor de 1.5 gramos de fibra soluble nutritiva para microbios intestinales.

“Efecto jardinera” en tu intestino
Si pensamos en el intestino como un jardín, el café parece funcionar como un fertilizante selectivo. Algunos estudios han observado que:
- Consumir alrededor de tres tazas de café al día durante varias semanas aumentó la presencia de Bifidobacterium, un género de bacterias asociadas a buena salud intestinal.
- Asimismo, el consumo de bebidas ricas en polifenoles (como café, té o vino tinto) se ha asociado en múltiples estudios con una mayor diversidad microbiana, considerada un sello de resiliencia y bienestar del ecosistema intestinal.
Un hallazgo muy específico: Lawsonibacter asaccharolyticus
Quizá uno de los descubrimientos más sorprendentes se publicó en Nature: las personas que consumen café habitualmente tienen niveles mucho más altos de una bacteria específica llamada Lawsonibacter asaccharolyticus.
Esta bacteria no es cualquier microbio: ayuda a fermentar compuestos en el intestino para producir ácidos grasos de cadena corta —como el butirato— que sirven de combustible a las células del colon y tienen efectos antiinflamatorios locales.
Implicaciones para la salud
El impacto de estos cambios microbianos podría ir más allá de la digestión:
- La producción de ácidos grasos de cadena corta se relaciona con mejor salud metabólica y menor inflamación sistémica, lo que puede explicar, en parte, por qué numerosos estudios epidemiológicos vinculan el consumo moderado de café con riesgo reducido de enfermedades como diabetes tipo 2 y problemas cardiovasculares.
- Una microbiota más diversa tiende a asociarse con mejor equilibrio digestivo y metabólico general.
La letra pequeña: no todo es café y beneficios
Antes de correr por tu quinta taza, es crucial entender que la evidencia clínica sólida aún es limitada:
- Los estudios que observan estos cambios son mayoritariamente observacionales o de laboratorio, por lo que no prueban causalidad definitiva.
- La respuesta al café puede variar mucho entre personas, porque cada microbiota es única.
- No todos los tipos de café son iguales: el impacto de café soluble, espresso, filtrado o con grandes cantidades de leche y azúcar puede ser muy diferente (y los azúcares ultraprocesados pueden contrarrestar posibles beneficios).
- Un consumo muy alto de café puede asociarse con efectos adversos como insomnio, ansiedad o acidez en personas sensibles, y potencialmente afectar otros aspectos digestivos si se excede.

Más allá de su efecto energético clásico, el café interactúa de manera significativa con la microbiota intestinal, alimenta bacterias beneficiosas, aumenta la diversidad microbiana y promueve la producción de metabolitos antiinflamatorios. Aunque faltan ensayos clínicos robustos que confirmen beneficios directos sobre enfermedades, la evidencia científica actual sugiere que, en consumo moderado y preferentemente negro o con poca leche, el café podría ser una pequeña gran ayuda para tu salud intestinal y metabólica.





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